1、非法行医罪与医疗事故罪的界限
非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(1)客观方面不同。前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
(2)主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
(3)主观方面不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
2、非法行医罪与非法经营罪的界限
非法经营罪，是指违反国家法规，非法进行经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。它与非法行医罪的共同之处表现为，都是违背国家许可证制度，都必须情节严重才构成。二者的区别表现在：
(1)客体不同。非法行医罪侵犯的客体是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，后者侵犯的客体是市场管理秩序，一般并不侵犯公民的生命健康权利。
(2)客观方面不同。非法行医罪表现为非法从事医疗活动，而后者表现为非法从事医疗活动以外的其他经营活动。
(3)主体不同。非法行医罪的主体是特殊主体，即通常具备一定的医学知识但未取得医生执业资格的人，而后者的主体是一般主体。
3、非法行医罪与诈骗罪的界限
诈骗罪，是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的办法，骗取数额较大的公私财物的行为。在客观方面，诈骗罪与非法行医罪中行为人根本不懂医疗知识，却号称自己精通医术，牟取就诊人钱财的行为极为相似，但二者具有本质的不同：
(1)客体不同。前者侵犯的是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，后者侵犯的客体是单一的，即公私财产的所有权。
(2)客观方面不同。前者行为人主要是利用就诊人缺乏医疗知识，假装自己医术高明而欺骗被害人。后者行为人则是使用骗术，即以虚构事实或者隐瞒真相的欺骗方法，使财物所有人、管理人产生错觉，信以为真，从而似乎“自愿”地交出财物。
(3)主体不同。前者的主体是特殊主体，即没有取得医生执业资格的人，后者的主体为一般主体，即年满16周岁能够负完全刑事责任能力的人。
(4)主观方面不同。前者表现为间接故意或过失，后者表现为直接故意。
4、非法行医罪与故意杀人罪、故意伤害罪和过失致人死亡罪、过失致人重伤罪的界限
非法行医罪的客观特征有多种表现，但其中一种危害结果是造成就诊人员伤亡，这与故意杀人罪、故意伤害罪、过失致人死亡罪和过失致人重伤罪的后果有相同之处。在刑法修订以前，由于中国刑法没有规定非法行医罪，对于非法行医行为一般按照后四罪定罪处罚。
因此，在实践当中非法行医罪与上述四罪很容易混淆，特别是对于没有固定场所，不经常进行非法行医活动的非法行医行为，尤其难以认定。那么非法行医罪和后四罪有何区别呢?它们区别主要表现为：
(1)客体不同。非法行医罪侵害的客体是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，而后四罪所侵犯的客体仅是特定公民的生命健康权利。
(2)客观方面不同。非法行医罪发生在非法从事医疗活动的过程中，而后四罪的发生一般都不在医疗活动的过程中。
(3)非法行医罪的主体是特殊主体，限于未取得医生执业资格的人，而后四罪的主体是一般主体。
(4)主观方面不同。非法行医罪的行为人对严重不良后果的心理态度是过失或间接故意，而故意杀人罪、故意伤害罪的主观方面为直接故意或间接故意;过失致人死亡罪、过失致人重伤罪的主观方面为过失。
