一、非法经营罪案件退查了两次怎么办?
需要作不起诉处理，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
1、人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在法律上规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
2、人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
3、对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
4、对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、退侦补充侦查包括哪些种类?
(一)审查批捕阶段的补充侦查
人民检察院对于公安机构提请批准逮捕的案件进行审查后，应当根据情况分别作出批准逮捕或者不批准逮捕的决定。对于批准逮捕的决定，公安机构应当立即执行，并且将执行情况通知人民检察院。对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机构。
(二)审查起诉阶段的补充侦查
1、补充侦查的形式。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机构补充侦查，也可以自行侦查。
2、补充侦查的期限和次数。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以两次为限。这既指退回公安机构补充侦查的案件，也包括人民检察院自侦案件中决定退回补充侦查的案件。
3、经过一次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。如果案件经过两次补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。
(三)法庭审理阶段的补充侦查
在法庭审判过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，提出延期审理建议的，合议庭应当同意。人民检察院应当自行侦查，必要时可以要求公安机构提供协助。
非法经营罪的案件，两次退侦之后需要作不起诉处理，案件退侦补充侦查分为三种类型，一种是在审查批捕阶段的补充侦查，一种是在审查起诉阶段的补充侦查，还有一种是在法院审理阶段的补充侦查，不管是哪种补充侦查，都有时间和次数的限制，补充侦查的次数不能超过两次。
