第一、概念的差异
什么是公租房？公租房全称公共租赁住房，是解决新就业职工等夹心层群体住房困难的一个产品。它由政府投资或政府提供政策支持的其他投资主体，属政府或公共机构所有，通过限定户型面积、供应对象和租金标准，面向无房的大学毕业生、引进人才和其他住房困难群体出租的住房。
什么是廉租房？廉租房是指政府以租金补贴或实物配租的方式，向符合城镇居民最低生活保障标准且住房困难的家庭提供社会保障性质的住房。廉租房的分配形式以租金补贴为主，实物配租和租金减免为辅。
第二、性质的区别
公租房是由政府政策支持，限定户型面积、供应对象和租金标准的公共租赁住房，而廉租房则为解决低收入家庭的基本居住问题所提供的政策性住房。
第三、表现形式有差异
廉租房一般有两种表现形式，一是由政府出资建好后，低租金给住房困难户；二是由政府发放租金补贴给住房困难户，由他们租赁社会房屋居住。公租房一般是政府出资建房,低租金租给租户。在租赁5年期满后符合条件的承租人可以按以综合造价为基准确定的价格购买。购买后可以继承、抵押,不得出租、转让、赠予等市场交易。因特殊原因需转让的,由政府以购房价加利息回购，再作为公租房流转使用。
第四、缴纳租金不同
一般情况下，廉租房要比公租房的租金要低上很多。廉租房月租金标准约为0.8-1.2元/平方米。而公租房则根据地段不同，租金也有变化，一般是同地段同品质房屋的60%。不同城市公租房和廉租房租金缴纳金额不同，具体依据本地政策执行。
第五、申请条件不同
以郑州公租房为例，家庭成员中至少有1人取得本市常住户口3年以上；家庭成员有户口迁入的，迁入时间必须在两年以上；无自有住房或未租住公有住房；家庭人均月收入低于城镇居民最低生活保障标准的5倍，单身年龄应在28岁。另外，就业职工及外来务工人员其他各自条件，如已与用人单位签订劳动合同，月工资低于城镇居民最低生活保障标准的5倍等等。而廉租房则除了对户口有要求外，还需有《城镇居民最低生活保障金领取证》或者家庭人均月收入低于郑州市城市居民最低生活保障标准的2.5倍的低收入家庭认定证明，人均住房建筑面积低于16平米。
第六、申请对象不同
不同城市申请对象不同。例如北京廉租房申请对象必须满足如下情形：a、申请家庭上年人均月收入连续一年低于580元。1人户家庭年收入低于6960元，2人户低于13920元(申请家庭每增加1人，按增加6960元计算)。b、申请家庭总资产为1人户家庭低于15万元，2人户低于23万元，3人户低于30万元，4人户低于38万元，5人户及以上低于40万元。 c、家庭住房人均使用面积低于7.5平方米，且申请人和家庭成员5年内未出售或者转让过房产。d、具备下列情形之一：被拆迁；有特殊病、重残人员；有60岁(含)以上人员；居住市政府确定的解危排险范围内房屋；申请楼房配租的家庭人口应当在2人以上。
保障性住房发展趋势
廉租住房和公共租赁住房是保障性住房的重要组成部分，对满足城镇中低收入住房困难群体的基本住房需要发挥了重要作用。但在平行运行过程中也遇到了一些问题：
一、两种保障房都属于租赁房，但面向的群体不完全一样，需要分别申请、分别排队，申请人不容易搞清楚自己适用哪种保障方式，导致申请不够方便。
二、住房保障需求和供应是一个动态的过程，近年来部分地方出现了保障房与保障对象不相匹配的情况。如果廉租房或公租房房源在满足保障对象需求后仍有剩余，受限于两项制度准入门槛、保障标准不同，不能调剂使用，在一定程度上造成了资源的闲置浪费。
三、对于因收入等发生变化需要从廉租房对象转换成公租房对象的，需退出原廉租房保障后再申请新的公租房保障，给老百姓造成不必要的麻烦。
为了解决这些问题，近年来，一些地方在廉租房和公租房统筹建设、并轨运行方面做出了积极探索。例如深圳市下发了《深圳市公共租赁住房和廉租住房并轨运行实施办法》，确认公租房廉租房并轨制度，廉租保障对象可以自行承租市场房源，领取相应的市场房租金补贴。而廉租保障对象承租公租房的，按照其所承租公租房租金标准的90%向其发放公租房租金补贴。
