(一)罪与非罪的界限
刑法第308条对打击报复证人罪的基本构成未设定情节要件，根据此规定，构成打击报复证人罪不需要情节严重，但是法条把“情节严重”作为打击报复证人罪的加重构成的要件。虽然构成本罪不需要情节严重，但也并不是说只要有打击报复行为，不论情节如何，危害后果如何，都构成犯罪。根据刑法第13条的规定，“情节显着轻微危害不大的，不认为是犯罪。”这一规定适用于所有具体犯罪，包括打击报复证人罪。
(二)本罪与报复陷害罪的区别
报复陷害罪，是指国家机关工作人员滥用职权、假公济私，对控告人、申诉人、批评人、举报人实行报复陷害的行为。报复陷害罪与打击报复证人罪的区别有三，其一，侵害的客体不同。报复陷害罪侵害的是公民的民主权利，即公民的控告权、申诉权、批评权、举报权。而打击报复证人罪侵害的客体则是司法机关的正常活动以及公民的人身权、财产权。其二、犯罪主体不同。报复陷害罪的主体是特殊主体，限于国家机关工作人员，非国家机关工作人员不能构成本罪。而打击报复证人罪的犯罪主体是一般主体，不限于国家机关工作人员。其三、客观方面不同。报复陷害罪在客观方面行为人必须利用职权，假公济私，进行报复陷害。而打击报复证人罪中的打击报复则不是利用职权的行为。
(三)本罪与故意伤害罪的区别
打击报复证人罪的犯罪对象仅限于证人，而故意伤害罪的犯罪对象可以为任何人，也包括证人。打击报复证人的手段包括对证人进行殴打、伤害。如果致证人轻伤，应属情节严重，行为人既构成打击报复证人罪，又构成故意伤害罪。由于打击报复证人罪情节严重的，最高刑为7年有期徒刑，而故意伤害(轻伤)罪的法定最高刑只有3年有期徒刑，根据处理想象竞合犯的原则，按较重量的罪处罚，因此按打击报复证人罪的从重情节处罚。如果打击报复证人致证人重伤，则应以故意伤害致人重量伤罪论处。
