两者主要是因为主体关系的不同民事法律关系是跟法院进行起诉对象是法院，而诉讼标的是指当事人也就是被告与原告之间有争议的部分，主体是当事人。两者之间并没有太大的联系。
民事诉讼法律关系是以一方主体为法院而发生诉讼上的权利义务关系，诉讼标的是指当事人之间发生争议并提交人民法院裁判的实体权利义务关系。
二者的区别主要是主体不同，民事诉讼法律关系一方主体必须是法院，而诉讼标的的主体是当事人。
民事案由和诉讼标的都旨在固定纠纷，帮助人们认识纠纷的本质，它们都在框定原告起诉的对象，法院裁决的对象，二者都是民事诉讼领域的研究对象。民事案件的案由，是指民事诉讼法对法院判决中体现当事人请求法院裁判事项的概括性描述。案由实际上是诉讼标的在判决上的宣示。因此，识别案由应从识别诉讼标的开始。当事人向人民法院提出的案由就直接体现了民事诉讼的诉讼标的。案由实际上就是当事人讼争的法律关系及其争议，这实际上就是我国民事诉讼中诉讼标的的全部外延。诉讼标的与民事案由可谓互为表里。
诉讼标的理论是大陆法系国家民事诉讼法理论的基石，它的理论研究直接影响着民事诉讼法学的发展和民事诉讼实践的进步;而民事案由是我国最高人民法院为规范民事案件的受理与审判，根据民事实体法的现状对案件类型的划分，两者之间的差距可见一斑。具体而言，二者有如下区别:
一是二者理论高度不同。诉讼标的是整个民事诉讼的根基，是民事诉讼的基础理论。诉讼标的理论长期以来被视为民事诉讼领域的哥德巴赫猜想，其理论高度可见一斑。民事案由注重实用，它是从人民法院审理民事案件的实践出发，对纷繁杂乱的民事案件进行的分类，由于民事案由的研究还处于初始阶段，其理论体系尚不成熟。案由相比诉讼标更倾向于实际应用，诉讼标的是案由的本质，案由是诉讼标的的外在表现。案由的表述贴近实用，只要正确表达案情的本质即可。 但诉讼标的理论博大精深，贯通整个民事诉讼法理论系统，牵一发而动全身，识别诉讼标的是正确确定诉讼当事人、确定民事判决的既判力范围的前提。
二是二者类别划分依据不同:案由是按照民法理论对民事法律关系的分类为基础，结合现行立法及审判实践而分为十大类的，而诉讼标的一般是按照当事人提起诉的终极目的不同而划分为给付之诉、确认之诉与形成之诉。也有按照提出诉的主体不同而分为本诉、 反诉和参加之诉的，它的类别划分与实体法联系不大。
三是二者担负的功能不同。诉讼标的理论解决纠纷的识别问题，民事案由是将可诉纠纷的案件加以分类。诉讼标的理论不断向前发展，就是研究纠纷的最小单位，科学界定争议的实质。民事案由则是与民事实体立法齐头并进，将各类可诉纠纷归纳、概括并形成体系。从这一角度看，案由与实体法的联系要比诉讼标的与实体法的关系紧密。
一般来说民事诉讼和诉讼标的之间主要没有什么相关联的地方。但是两者之间可以做一个因果连接。只有当事人只有确定好了诉讼标的之后才能向法院对被告提起相关的诉讼。然后法院会根据案件具体情况进行相关的审理和判决。
无论是在我国的民事诉讼、刑事诉讼还是行政诉讼哪种类型的诉讼纠纷案件，只要是涉及到双方之间的纠纷的，此时都是会存在一个具体明确的诉讼标的的，一般来讲，一个诉讼纠纷案件中，双方当事人发生争议的诉讼标的，是只能有一个的。
