夫妻双方分居三年是不可以自动离婚的，因为解除夫妻之间的婚姻关系的合法途径只有三种，第一种是到婚姻登记机关办理离婚，由登记机关颁发离婚证;第二种是由人民法院判决离婚，即通过诉讼途径解除当事人的婚姻关系;第三种夫妻一方死亡或是被人民法院宣告死亡的，那么婚姻关系就解除了。
夫妻之间分居满三年是不可以自动离婚的，婚姻关系只能通过离婚登记或者法院判决或调解的方式解除。分居，不管时间多长，都不能自动解除婚姻关系。但是，按照《民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
所以，夫妻之间要想解除婚姻关系，除了去民政局办理离婚和通过离婚诉讼这两条人为解除途径之外，就只剩下婚姻关系当事人的一方死亡或者是被宣告死亡，婚姻关系才可以自动解除，除此之外，没有其他自动解除婚姻关系的方法，因为我国法律实务中是不承认分居可以致使婚姻关系自动解除的这种观点的。
需要注意的是，夫妻之间分居的，不管时间多长，都不能自动解除婚姻关系。但是，按照相关的法律法规的规定，夫妻因感情不和分居满二年，则构成夫妻感情确已破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。
