对非法运输危险物质罪的处罚标准：一般处三年以上十年以下有期徒刑;情节严重的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪侵犯的客体是公共安全，即不特定多数人的生命、健康和重大公私财产的安全。
非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪侵犯的客体是公共安全，即不特定多数人的生命、健康和重大公私财产的安全。同时还侵犯国家的毒害性、放射性、传染病病原体物质管理制度。本罪是涉及危险对象的犯罪，但并不表现为对这种对象的破坏，也不具有投放危险物质等罪一经实施即会同时造成多人死伤或公私财产广泛破坏的特点。
将其归入危害公共安全罪中，就在于毒害性、放射性、传染病病原体等危险物质，一旦被犯罪分子控制，有可能危及到广大人民群众的生命安全、国家财产的安全，给社会治安留下极大隐患。由于毒害性、放射性、传染病病原体物质其自身具有的危害人身健康的属性，因此国家历来对毒害性、放射性、传染病病原体物质的合理利用(包括生产、运输、储存)都实行严格的管理制度。并且在有关的法律、法规中，对开采、生产、运输、储存、研制开发和合理利用的主体即单位和个人都有明确的规定，任何单位和个人都不得擅自从事上述行为。这也是出于保护人民群众身体健康和公共安全的目的。
非法制造、买卖、运输、储存危险物质罪客观方面表现为非法制造、买卖、运输、储存毒害性、放射性、传染病病原体等物质，危害公共安全的行为。“非法制造”是指除了国家指定的科研、教学、生产单位依法研制上述物质外，任何单位和个人制造这些物质的行为。既保护合法研制的正常进行，又要严加管理，以防止恐怖组织和个人非法制造和利用这类物质用于从事恐怖犯罪活动，这也是我们司法实践中处理这类案件时应当掌握的一项基本原则。“
非法运输危险物质罪所造成的后果可能往往非常严重，有可能会造成民众受伤和社会不稳定现象发生。所以针对于危险物质，我国在运输方面是进行严厉进行查处的，不允许有任何个人和企业对危险物质进行传播和运送，一旦发现将会受到严厉处罚。
