公安机关批捕案件存在的问题有检察机关自侦案件的逮捕缺乏监督制约机制。逮捕适用过于广泛，羁押比率过高。没有细化的客观标准，在司法实践中全凭办案人主观判断，造成适用上的混乱和泛滥。 取保候审与逮捕相脱节，诉讼保障手段不能很好地互相衔接。
(一) 检察机关自侦案件的逮捕缺乏监督制约机制。而我国则是国家工作人员犯罪的自侦案件由检察机关自侦自捕，缺乏外部的监督程序。在我国的司法实践中，自侦部还是沿用由供到证的侦查模式：一般是掌握一定线索后即讯问犯罪嫌疑人，再以嫌疑人供述的线索获取其他证据。这种侦查模式很难在短暂的拘留时间内获得符合逮捕条件的证据，通过逮捕来完成证据的收集成为侦查部门的实际需要。虽然在检察机关内部自侦部门与负责审查逮捕的侦查监督部门是分开的两个部门，但两者都属于同一个检察机关，相互之间必然存在配合关系，而且逮捕的最后的决定权由检察长作出，这就难免出现以捕代侦情况，使逮捕措施失去正当性。
(二) 逮捕适用过于广泛，羁押比率过高。没有细化的客观标准，在司法实践中全凭办案人主观判断，造成适用上的混乱和泛滥。由于对不捕后可能发生的犯罪嫌疑人逃跑过于担心，加上对嫌疑人人身权利的漠视，办案人员对有证据证明有犯罪事实犯罪嫌疑人往往一捕了之，不论有无实际羁押的必要，导致一些犯罪嫌疑人的人身权利在审判前受到不必要的剥夺。
(三) 取保候审与逮捕相脱节，诉讼保障手段不能很好地互相衔接。
(四) 犯罪嫌疑人对逮捕羁押没有法定的抗辩权，使其审前的人身权利得不到应有的保障。大多数情况下，公安、司法机关不必有充分的理由就可以驳回申请，有的驳回的理由只是办案人主观的猜测，没有实际的根据。而对逮捕措施的滥用，嫌疑人没有任何救济的途径。嫌疑人对自己人身权利的保护完全是被动的。
虽然我国司法体系已经十分完善，但是由于社会变化日益更新，故而我国逮捕等法规范在具体落实的过程中，依旧存在着公安机关的职员不按照既定的规范行动，导致民事主体的权益受到侵害，故而在司法实际中，由于逮捕的因素提出得到国家赔偿的案件比较常见。
