笔迹鉴定意见的质证情况有鉴定程序是否合法、鉴定机构是否具备资质、鉴定的结果是否符合法律规定的等，对于笔迹鉴定程序存在异议的，或者认为笔迹鉴定的法律适用情况不标准的，可以从上述情况来进行处理。
对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定;当原告本身不能完成证明责任时，则首先应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。
主要是从鉴定程序方面去质疑鉴定的证明力，包括鉴定人或鉴定机构是否具备相应资质、鉴定程序是否合法(找到相关笔迹鉴定的程序性规定一一对照看有无违反之处)、用于比对的检材是否符合相关规定、鉴定方法是否科学。此外，也可以通过鉴定人或鉴定机构与一方是否有利害关系、鉴定人或鉴定机构与本案结果是否有利害关系，来质疑鉴定结论的证明力;鉴定人或鉴定机构过去是否有过同类鉴定结果被推翻的记录。
综合评断是对检材笔迹与样本笔迹的相同特征与不同特征的价值进行科学分析，确定两者符合点与差异点的总和及其性质，并进而做出静定结论。评断的方法，一般是从研究差异点开始。鉴定任何笔迹，都会出现一定的特征差异。评断差异点的要点，是要确定差异点的性质。其性质有本质差异和非本质差异两方面。非本质差异说明检材笔迹与样本笔迹不同特征数量与质量所占的比例较小，本质差异表明两者不同特征的数量、质量比例大。前者一般说明两者为不同人书写习惯体系的反映。
笔迹鉴定既要重视对差异点的评断，也要重视对符合点的评断，不能片面地否定一方面就盲目的肯定另一方面，即在确定差异点属于非本质的性质以后，就贸然做出肯定同一结论是不科学的。符合点也有本质的符合和非本质的符合之分，如果检材笔迹与样本笔迹相同特征的数量、质量占绝对优势，即构成本质符合性质;如果两者相同特征在数量、质量方面占的比例小，即属于非本质性的符合。经过差异点和符合点的评断，如果检材笔迹与样品笔迹之间，出现了本质符合和非本质差异，或者本质差异与非本质符合的的结果，既可做出检材笔迹与样品笔迹是同一人书写或不是同一人书写的确切结论。
在我国的诉讼程序中，对于笔迹鉴定的程序以及适用的条件的要求都是十分的明确的，此时需要注意的是，在对笔迹进行鉴定之后，此时鉴定人是需要出具书面的鉴定意见的，鉴定意见是可以作为证据适用的，并且适用证据的一系列的规则。
