一、土地征收合同无效法院应如何处理?
采取调解的方法解决纠纷
在双方当事人同意调解的前提下，可采取如下方法：
一是土地买卖合同签订后，至提起诉讼时，土地的市值没有变化，仍然保持着买卖时的现状，如果能调解协商达成一致意见的话，可以采取相互返还的处理方法，这样双方都没有损失，有利于案结事了，同时案件也没有留下任何隐患。
二是土地的市值没有变化或变化可以忽略不计的，但土地上已经建房的，应当对房屋进行价值评估，由价格鉴定部门做出鉴定，法院依据鉴定的价格让出卖人支付相应房屋价款。
三是对土地的市值没有变化或变化可以忽略不计的，买受方又没有在土地上建房，对土地所在地理位置不具有特别的依赖性，可以考虑相互返还购地款和土地。
二、征地协议确认违法判决
1、判决确认违法，但不撤销行政行为
《行政诉讼法》第七十四条第一款规定，行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：
(1)行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的;
(2)行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。
2、判决确认违法
行政行为有下列情形之一，不需要撤销或者判决履行的，人民法院判决确认违法：
(1)行政行为违法，但不具有可撤销内容的;
(2)被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的;
(3)被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。
三、买卖或者以其他形式非法转让土地的如何处罚
买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门没收违法所得;对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任
综上所述，在土地征收案件中，如果人民法院判决拆迁补偿合同无效，征地主管单位的强拆行为当然是不合法的，事实上，土地征收是不允许强拆的，按照国家的政策必须是先补偿、后搬迁，对于拒不配合的被拆迁户，征地主管单位需要通过司法途径申请强拆。
