重庆抗战遗址博物馆位总占地500余亩，遗址面积4053平方米，每一处遗址都是一处特色景观。遗址博物馆包括重庆黄山抗战遗迹博物馆参观游览区、重庆抗战遗址博物馆休闲旅游区、重庆抗战遗址博物馆保健疗养区、重庆抗战遗迹研究中心等区域。
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其中，博物馆的参观游览区，包括13处文物景点、一个综合陈列馆和一部分室外陈列。13处文物景点包括云岫楼（蒋介石官邸）、草亭（美国总统特使马歇尔旧居）、松厅（宋美龄别墅）、莲青楼（美军顾问团住址）、松赖阁（宋庆龄别墅）、云峰楼（何应钦寓所）、侍从室（蒋介石警卫人员所居住）、周至柔旧居（国民党空军司令周至柔居室）、黄山小学（抗战遗孤学习、生活地）、孔园（孔祥熙的二女儿孔令伟的别墅）、望江亭观景点、防空洞、发电机房。
云岫楼——蒋介石官邸
云岫楼（蒋介石黄山官邸）始建于20世纪20年代，蒋介石入住前进行了整修，占地面积615㎡，建筑面积364.5㎡，坐东北朝西南，海拔550米。该建筑融合了近现代的东西方建筑风格，为中西合璧折衷主义建筑形式，具有很强的时代特征和较高的历史艺术价值。
1937年11月，国民政府发布移驻重庆宣言，最高军政机构陆续移驻重庆。1938年12月8日，蒋介石率军事委员会抵渝当天就来到了黄山。由此，云岫楼逐渐成为当时中国最主要的时政要务决策地。这里多次召开重要军政会议，如东亚联合军事会议、中美英高级将领联席会议、黄山整军会议等。
松厅——宋美龄别墅
松厅是蒋介石宋美龄夫妇的寓所，始建于20世纪20年代，占地面积587㎡，建筑面积347㎡，坐西北朝东南，位于黄山主峰东侧山脊上，为中西合璧砖木结构围廊式建筑。
松厅门额上悬挂蒋介石亲笔手书“松厅”横匾，厅后松林千顷，厅前丹桂摇曳。屋顶有一烟囱，分别与各主要房间的壁炉相通，壁炉不仅是作取暖之用，还传达着宋美龄的西式生活理念与时尚观念。松厅功能分区明确，浴室、衣帽间、起居室等生活设施一应俱全，是一处具有鲜明时代特征和较高历史、艺术价值的遗址建筑。
草亭——马歇尔、张治中等办公居住地
草亭始建于20世纪20年代，1941年重修，占地面积442㎡，建筑面积265㎡，坐北朝南，为中西式砖木混合结构围廊式平房建筑，因屋顶用进口茅草覆盖，冬暖夏凉而得名。草亭位于黄山西部斜坡，背山面壑，绿树掩映、环境幽雅，右侧空地上不仅可远眺望江亭，还可俯瞰两江交汇，观渝中半岛，风景绝佳。
草亭为国民政府军事委员会招待所，蒋经国、张治中等人曾在此居住，国共和谈调停特使马歇尔将军在重庆期间长居于此。该建筑风格独特，打破了中国传统中轴对称式建筑的陈规，着重表现了因势造景的空间意境审美观念。
孔园——孔二小姐别墅
孔园建于20世纪30年代，由主楼与附属建筑组成，建筑面积各为713㎡和185㎡，占地面积2029㎡。孔园是孔祥熙的二女儿孔令俊陪伴姨母宋美龄时所居住的一处山居别墅，是黄山抗战旧址群中最大的一处，因建筑在桂花树丛中，故又旧称“桂园”。
孔园主楼为两层砖木结构建筑，上下层结构基本相同，前檐分别设计为走廊和阳台，二楼楼梯间有天桥通往后山，是典型的庭院式公寓建筑。孔园附属建筑是坐东朝西的平房，为随从佣人用房。
莲青楼——美国军事援华代表团驻地
莲青楼建于20世纪40年代，由主楼及其附属建筑组成，总占地面积835㎡，总建筑面积809㎡，主楼是美国军事援华代表团驻地，附楼为厨房。
莲青楼因门前山壑内有莲池而得名。莲池系日机轰炸形成的弹坑而改建，是重庆大轰炸的有力见证。主楼为中西式砖木结构建筑，外观极具欧式风格，屋内的结构布局和装饰却是中国传统的中轴线对称式风格，如二楼舞厅天花板的藻井，是清代建筑中一种常见的室内装饰。莲青楼建筑风格优雅，室内装饰精美，是黄山抗战旧址群中最独特的一处，也是建筑价值最高的一处。
黄山小学——抗战将领遗孤学校
黄山小学，现存建筑建于1946年，由一栋主体建筑与两栋附属建筑组成，占地面积968㎡，建筑面积420㎡。
黄山小学主体建筑和北侧附属建筑为土木结构建筑，东侧附属建筑由于地形限制，为吊脚楼式建筑。黄山小学为基督教会黄山中正福佑堂的教室和校舍，主要容留教会慈善机构收养的孤儿或流浪儿。建国后为川东行署组织部办公地。
云峰楼——宋庆龄别墅
云峰楼又称为国母楼，始建于20世纪20年代，占地面积467㎡，建筑面积296㎡，砖木结构两层建筑，是蒋介石为孙中山夫人宋庆龄准备的寓所。云峰楼后接半攒尖式亭阁，名为鹤归来亭，攒顶分八脊，四脊与主体屋面相连，四脊起翼，如羽似飞。底层由东侧亭阁入，二楼由楼外石阶上山顶入室，三开通门直入亭台，可观东方日出，西方落日，览黄山浅谷胜景。
松籁阁——何应钦官邸
松籁阁又称何楼，建于20世纪20年代，占地面积285㎡，建筑面积363.8㎡，为双坡顶砖木混合结构建筑，是国民政府军政部长何应钦的办公地及寓所。松籁阁位于黄山主峰东南侧的小山顶上，地势较高，可鸟瞰黄山浅谷全景和眺望南山，绿树掩映环境幽静，楼前有呈月牙形的“听松台”，据说为何应钦练太极之处。
周至柔旧居
周至柔旧居始建于20世纪20年代，位于山腰平地，坐东朝西，占地面积196㎡，建筑面积268.2㎡。该建筑融合了重庆本土建筑风格，采取了独特的土墙与木梁结合的架构形式，外观为平房，内部实为两层。
周至柔旧居原为刘湘时期空军司令蒋逵住址，国民政府迁都重庆后，抗战时期中国空军前敌司令部总指挥周至柔曾在此居住。旧居内完整保存有“陈母蒋夫人懿行碑”及“赵熙行书《蒋司令山堂赋记》横批刻石”两块碑刻。
防空洞
防空洞修建于1939年，由蒋介石亲自主持修建，位于黄山西侧地下，洞体贯穿云岫楼所在山体，是蒋介石夫妇及军政要员躲避日军空袭的隐蔽所和地下指挥掩体，是重庆大轰炸的有力见证。防空洞长202米，宽1.6—2.1米，高2.5米，呈Y字形分布，共有三个出口隐蔽于山凹处，分别朝往云岫楼、草亭、望江亭方向。洞内按功能分为岗哨、会议室、机要室、发电房、应急作战指挥室、食品贮藏室、蒋介石办公及起居室等，并配有通风设施。
望江亭
望江亭始建于20世纪30年代，位于黄山北侧独立的山头顶端，海拔580米，是黄山抗战旧址群中唯一一处景观建筑。望江亭为一栋八角攒尖顶单层观景亭，其结构以青石为基础，柱、顶全为木质，后毁于雷电仅存八边形基座，2004年进行了修复。望江亭四周为沟壑，有一条小山路通往云岫楼，可鸟瞰渝中半岛，是观赏山城夜景和两江交汇的极佳之地。
1940年8月19日，日机120余架次分4批轰炸重庆，最后一批使用硫磺小烧夷弹轰炸，20日继续轰炸，整个市区陷入火海。蒋介石不胜忧愤，数次登黄山望江亭眺望市区火海，昼夜苦思救火保民和抵御大轰炸之法。1940年10月15日，蒋介石接见航空委员会美藉顾问陈纳德，促成美国空军援华事宜。
发电房
发电房始建于20世纪20年代，30年代改建为黄山官邸所需电力的供应中心，占地面积56㎡，建筑面积56㎡，海拔531米。发电房是并联式石结构拱券建筑，为三个相对独立石洞，原有两个拱券状通道将三个石洞连在一起。
侍从室
侍从室始建于20世纪20年代，是蒋介石侍从人员办公场所，现仅存两栋，均为砖木结构平房。侍从室-1占地面积为340㎡，建筑面积为192㎡，歇山屋顶，周围檐柱围成回廊，屋前方塘水池，小桥穿过。侍从室-2占地面积为380㎡，建筑面积为75㎡，悬山屋顶。
侍从室是蒋介石的贴身办事机构，他的指示通过侍从室传达到军事委员会。侍从室共设有3个处，第二处掌管政治和秘书工作，在黄山侍从室办公的主要是第二处人员。侍从室第一处主任张治中、第二处主任陈布雷都曾在此办公。
侍卫室
侍卫室始建于20世纪20年代，占地面积216㎡，建筑面积178㎡，位于黄山腹地，坐东朝西，海拔532米，是蒋介石警卫人员驻地。侍卫室为砖木结构双坡顶单层建筑，平面呈矩形，六开间，前檐有回廊，墙身为青砖砌筑，清水墙面，基础和台阶为规整石砌筑。
炮台山
原为抗战时期高炮防空阵地，现仍可清楚看见壕沟。
