菠菜主要有菠菜猝倒病、菠菜心腐病、菠菜霜霉和病菠菜病毒病这4种病害，这些病害发病时的特征与防治方法也各有不同。
霜霉病
霜霉病是我国南方菠菜产区最常见的病害。这种病是由一种名为菠菜霜霉病的真菌引起的。田间为害表现为：主要为害在叶片前部，病斑呈淡黄色，不规则，大小不等，直径3～17mm，边缘不明显。病斑扩大后，它们相互连接成碎片，后来变成褐色死亡。叶背病斑上形成灰紫色的霉菌层。病害由外叶向内叶发展，由植株下部向上部发展。病叶干旱枯黄，高湿腐烂，严重时整叶枯黄死亡。
当温度为10时℃ 而相对湿度为85%时，或种植密度高、积水、播种过早时，病害严重。菠菜霜霉病在越冬植物、种子或病叶中越冬。第二年春季，在适宜的环境条件下，通过风、雨、农具、昆虫和农业作业传播，病原菌从寄主表皮或气孔侵入。因此，防治菠菜霜霉病应采取以下措施：1、合理密植，科学灌溉，降低田间湿度；
2、选择抗病品种。可选择沙瓦杂交种612、621、班提、宝纳斯、杜特等品种，也可选择尖叶型品种；
3、种子收集在无病的土地上或无病的植物上。如果种子被侵染，可在播种前用50%福美双可湿性粉剂处理，用量为种子重量的0.4%；
4、如果早春在菠菜地里发现病株，应及时拔出烧掉；
5、发病初期，喷40%乙基铝粉200-250次，喷58%甲霜灵阶段，喷40%乙基铝粉200-250次，喷58%甲霜灵锰锌粉500次，喷64%防毒明矾粉500次，或喷72.2%普利克水800次，每7-10天喷一次，连续2-3次。
枯萎病
菠菜枯萎病在成株期发病严重。结果表明：老叶变黑变暗，叶肉逐渐变黄，向上逐渐膨大，根向下发育时变褐死亡。早期病害植株矮化明显。天气干燥，气温高，病株迅速枯萎。在潮湿和低温的条件下，病害植株可以继续存活一段时间，有时还会长出新的侧根。但在高温的情况下，它会很快枯萎。
菠菜在土壤或种子中和病株一起度过夏天或冬天。种子可以携带细菌，未成熟的粪便也可以携带细菌。病原菌可随雨水和灌溉水传播，直接从根伤或根尖侵入，到达维管束。在维管束中，病原菌产生有毒物质，堵塞血管，导致叶片枯萎枯萎。高温高湿有利于该病的发生；土壤温度在30度左右℃, 土壤潮湿，肥料没有完全分解，地下有许多害虫和线虫。
防治方法：
1、洋葱雌蕊和禾本科作物轮作3-5年，避免连作；
2、为提高寄主的抗病性，施用日本发酵菌堆肥或全分解有机肥，采用配方施肥技术；
3、采用高垄或垄作，雨后及时排水，禁止漫灌；
4、中心病株及时清除。用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、40%多硫化物混悬液500倍液、10%止胃灵水300～400倍液，半个月1次，连续2～3次。
白斑病
外缘褐色至紫褐色，然后逐渐发展为白斑。当湿度较高时，在一些病灶上可以看到灰色的毛发。干湿变化剧烈时，病灶中部易破裂。这种症状是由甜菜尾孢子感染引起的。这种真菌不仅会危害菠菜，还会危害甜菜等藜科植物，引起类似症状。
病原菌以病渣为菌丝体在土壤中越冬，来年春季经风雨传播。生长弱、温暖潮湿、地势低洼、多风、管理不善，容易生病。
防治方法：
1、为了提高菠菜的抗病性，菠菜应种植在地势平坦、有机肥充足、通风良好的土地上，适当浇水，精细管理；
2、收获后应及时清除病体，集中掩埋或焚烧，减少病源；
3、发病初期，喷30%路得宝混悬液400-500次，或1:0.5:160倍波尔多溶液，75%百菌清可湿性粉剂700次，50%多菌灵可湿性粉剂1000-1500次，每7-10天一次，连续2-3次。
