项目起自上海市新建上海宝山站，经江苏省苏州市、南通市、泰州市、扬州市、南京市及安徽省滁州市、合肥市，接入既有合肥南站。线路全长554.6公里，其中新建铁路519.9公里、利用既有铁路34.7公里。全线设16座车站，其中新建车站10座。
沿线16个站点
1.上海宝山站
位于上海市宝山区，城西一村附近，是北沿江高铁的始发站。
2.太仓站
地处太仓市陆渡镇与浏河镇交界处，此站同时也是南沿江城际铁路的在建站，并建联络线沟通沪通铁路一期。
3.崇明站
位于崇明区西北城桥镇湾南村附近，北跨陈海公路和南横引河，东距崇明县城区1.5公里，西跨江万公路，南距长江约3公里。
4.启东西站
位于启东市北新镇、王鲍镇境内，东距启东市区11.8公里，西距临江镇13.1公里，南跨沿江公路，北距沪陕高速7公里、紧邻S336省道。
5.海门北站
位于江苏省海门市三星镇汇通村、益民村境内。结合南通新机场选址，车站距离机场航站楼仅450米，通过 GTC 换乘中心联通。如通苏湖、沪通城际及快线、地铁均在高铁车场下方穿过，实现同站换乘。
6.南通站
南通站新建沪渝蓉车场与既有宁启铁路南通站并站设置，位于既有站车场北侧。
7.如皋西站
位于南通市如皋市吴窑镇北侧平田村，距离如皋市城区距离约15公里，距离吴窑镇约2.3公里。
8.黄桥站
位于泰州市泰兴市黄桥镇境内，位于东姜黄河以东，南邻野屋村，北靠渡船村。车站距离黄桥镇约2.5公里。
9.泰州南站
位于江苏省泰州市南部医药高新区境内，位于东风快速路以东，泗白路以西，南邻姜高路（X301县道），北靠前进村。车站距离泰州主城区约5.4公里。
10.扬州东站
为连淮扬镇铁路既有站，北沿江高铁场于西侧并站设置。这里同步还规划了扬马城际场。
11.仪征北站
位于江苏省仪征市月塘镇小倪洼村，距离仪征市主城区约15公里。
12.六合西站
位于南京市六合区马鞍镇刘营村附近，既有宁启铁路以北。北沿江高铁、宁淮城际共站引入六合西站，车站工程由宁淮城际项目承担。
13.南京北站
位于南京市江北新区直管区内舟桥旅地块，G40沪陕高速以东，104国道（浦泗路）以北，朱家山河以南。
新建南京北站为高架站，按三场分场布置，自北向南依次为沪渝蓉高铁车场和宁淮-宁蚌车场、普速车场。车站总规模为16台30线，含正线6条，其中沪渝蓉高铁（北沿江）车场规模为5台9线，宁淮-宁蚌车场规模为6台12线，规划普速车场规模为5台9线（含正线）。
14.滁州站
位于安徽省滁州市南谯区，为京沪高铁中间站。北沿江高铁引入滁州站，既有车场不变，在南侧新建车场，形成一站两场，并预留滁扬城际场的格局。
15.大墅站
位于全椒县西王镇蒋李村，在全椒县城西北侧，距离全椒县城市中心31.3公里。
16.肥东站
既有肥东站为合宁线、商合杭高铁中间站，将随工程改扩建。北沿江高铁与合宁线置换引入。
