合肥南站由于出入通道比较多，为了疫情防控，目前到达大厅至北广场、地下车库至到达大厅、公交下客区至到达大厅等部分通道临时关闭或上下有所限制，您遇到这种情况可以换其他通道或询问站内工作人员。南广场虽早已启用，但同样出于疫情防控需要，南广场进站口处于关闭状态，旅客请绕行至北广场进站口或东、西落客平台进站口。
此外，目前南站东、西出站口均设置省内、省外通道，出站旅客可根据所来方向按不同通道出站。
需要换乘地铁的旅客也需要注意，合肥轨道交通1号线合肥南站4号出入口目前也临时关闭。在此期间，3号出入口作为省外来肥人员通道，5号出入口作为省内来肥人员通道。
核酸检测
此前南站出站只需要测温、核验健康码，2022年根据合肥市最新防疫相关规定，外省来合肥的乘客，应出示48小时内的核酸检测报告。不过，如果没做核酸也不要担心，因为目前在南站东2、西2出口和北出口设置了3处临时核酸检测点，为来（返）肥有需要的旅客进行免费检测，既方便旅客出行，也实现了对到达旅客的动态监测。而且非常贴心的一项是，即便你有核酸报告，如果感觉快超过48小时了，也可以提出做一次免费核酸检测。合肥南站核酸检测点工作时间：星期一至星期四为8:00-23:00，星期五至星期日为8:00-24:00。
扫码测温
合肥直属站在合肥站、合肥南站加强了旅客测温筛查，共设置13个进站测温通道、7个出站测温通道。合肥直属站所有车站进出站口均设置测温点，确保快速进站和应检尽检。南站地铁各出入口也设置了测温门。
南站到达大厅东侧原来的扫码测温点已西移20米左右，现在红枫驿站旁边，旅客进站请主动测温扫码进站。南站目前在枢纽换乘大厅进站口设置人员定岗检查，凡发现未佩戴口罩者禁止进站。要求全员佩戴口罩，站区工作人员巡察发现旅客出站未佩戴口罩，一律要求旅客按规范佩戴口罩出站。目前南站体温正常者予以放行。如异常，由工作人员使用手持测温枪、水银温度计对其进行复测，如体温仍异常带至留观室，并通知120救护车处理。
消毒
站内，铁路部门加大在候车厅、进出站口等人流密集场所，车站安检仪、直梯扶梯、旅客座椅、厕所、自助设备等旅客频繁接触部位的消毒频次，保证短时间内完成大面积喷洒、消毒等工作。目前南站增加监测卡点布局，每天投入疫情防控人员120人左右，确保经停换乘区的旅客监测全覆盖。南站综管办也加强公共区域防疫消杀。其中对电梯、卫生间等重点区域1小时/次；地铁口、大厅进出口、网约车候车区、出租车候车区等公共区域4小时/次；留观室4小时/次，遇紧急情况，全程跟踪消杀。每日对南北广场25个空调机房约420片静电过滤网进行消毒，分批清洗消杀站区全部空调过滤网，保证一周一次的清洗频率。
