建德至金华高速公路一类、二类客车开完全程58公里，约需43元；其中兰溪马涧至金义新区二仙桥东枢纽18.5公里，约需23元。
以杨村桥枢纽为起点，ETC和MTC两种收费方式，至梅城分别为8.26元、8元；至大洋分别为14.59元、15元；至大丘田(兰溪北）分别为20.92元、21元；至马涧分别为24.82元、25元；至终点二仙桥东枢纽分别为43.22元、43元。
按照我省目前执行的高速公路通行费组成办法，客车为车次费+车公里费率×车辆实际行驶里程数+桥隧叠加费；货车、专项作业车为车公里费率×车辆实际行驶里程数+桥隧叠加费。其中，不停车收费的ETC，按四舍五入精确到分；人工收费的MTC，按四舍五入精确到元。
客车部分，分为一类(≤9座,车长小于6米)、二类(10-19座,车长小于6米)、三类(≤39座,车长不小于6米）、四类（≥40座，车长不小于6米），车次费分别为5、5、10、15元/车次，车公里费率0.4、0.4、0.8、1.2元/车公里。
货车部分，分为2轴（车长小于6米且最大允许总质量小于4500KG）、2轴（车长不小于6米或最大允许总质量不小于4500KG）、3、4、5、6轴（含）以上，车公里费率分别为0.45、0.841、1.321、1.639、1.675、1.747元/车公里。
在车次费、实际里程费之外，我省规定还要对装有通风和监控设施的独立隧道需要叠加通行费。隧道通行费依据隧道长度来定，1000米－2500米（含）为1元，以后每1500米增加1元，1万米以上15元封顶。
经对标审核，建金高速全程有4处符合叠加收费要求的隧道，分别为陈山隧道1600多米，叠加1元/车次；目科里隧道、大青尖隧道2500-3000米，叠加2元/车次；金华山特长隧道7300多米，叠加10元/车次。
