假阴性分析
有些确诊病例，核酸检测结果多次为阴性，主要原因归纳为：
(1)病毒入侵人体初期，人体内病毒量尚未达到可检测的程度。采样时机和采样部位的不同，可能导致所采集的标本中没有足够量的病毒;
(2)任何检测试剂都有其检测下限(即敏感性)，如果患者标本内的病毒达不到所使用试剂的检测下限，则会出现假阴性;
(3)实验室仪器设备性能和人员检测能力差、质量管理落实不到位等也会产生“假阴性”;
(4)采样不规范、采集部位不当、采集标本不典型，导致标本中被病毒感染的细胞太少或没有。即可能造成“假阴性”。可见规范采集的重要性。
(5)靶基因的降解 ：
一般情况下， DNA 样本稳定性较好，在室温下放置 8h 仍不影响检验，新型冠状病毒为RNA病毒，靶基因降解对于 RNA 样品影响更为严重，由于环境中大量 RNA 酶的存在，若样品保存、运输条件不佳或存放时间过长，模板 RNA 非常容易降解，造成假阴性。
(6)PCR 抑制物：
反转录反应和 PCR 反应均为酶促反应，任何可能抑制这些反应的物质都会影响检验的结果。
假阳性因素分析
1、外源核酸污染 ：由于 PCR 的灵敏度非常高，理论上一个核酸分子的污染都有可能引起结果的假阳性，因此 PCR 标本采集最好使用无菌、无核酶的一次性器材，取材必须严格执行无菌操作，并小心防止混入操作者或受检者的毛发、皮屑等。密封运输和保存，不能在扩增区域进行标本的采集和处理，防止 PCR 产物的污染。
只要有少的扩增产物将标本或反应管污染即可出现假阳性, PCR仪器的性能差异和温控不准等质量问题造成非特异性扩增也会导致假阳性现象。
如果样本采集和PCR试剂配制及反应实验过程中, 引物设计不合理, 选择的扩增列序与非目的性扩增列序具有同源性, 检测样品出现交叉污染、PCR试剂污染或PCR扩增产物污染、气溶胶污染以及实验室中克隆质粒污染都会造成假阳性现象出现。
PCR 检测体系含有阳性内对照(内标)，该内对照使用的是内源性对照，通过检测内标是否正常来监测待测样本采样、提取过程以及样本中是否有核酸抑制物，避免 PCR 假阴性。
不合格样本影响检验结果
当采样时若标本没有采集到位或采集量极少，在进行分子检测中就没有内标，无法报告定性结果。
在新冠病毒核酸检测中，不合格样本通常是由于采样问题和采样用具问题导致的。
「有时候采集的咽拭子或鼻拭子中粘液成分过多，也会对 RT-PCR 结果造成影响，会报为不合格样本重新采样。」
在临床中另一个比较常见的情况就是送检样本盖子没盖严或有泄漏。这种情况下既会存在生物安全风险，同时发生泄漏后标本可能会受到污染或含量变少不够检测，在这种情况下也会报告不合格样本。
