颜色不同
黄肉的菠萝蜜有淡黄，黄，深黄之分，红肉菠萝蜜颜色有淡红，橘红，深红之分，这些颜色差异的形成受品种与熟度的影响，一般来说所有菠萝蜜未熟的时候，果肉颜色都是白色/米白色的，其颜色随着果实的熟度上升，慢慢变深。
对于红肉菠萝蜜其中的红，不是指真正的颜色的红，而是指靠近果核部分的果肉会呈现橘红色，而黄肉则整个果肉都是偏黄色的，并且目前市面上所做的红肉一般都是以淡红与橘红为主，很少全红，深红的，菠萝蜜红肉和黄肉比较一下颜色还是可以很明显看出区别的。
果型不同
红肉的果形要偏圆润，饱满一点，果刺要疏松，大一点，果中等一般在5-15kg；黄色菠萝蜜果形相对红肉来说偏长形，且果刺密集且感观上较尖，果大一般单果重在10-20kg。
出果率不同
红肉菠萝蜜由于果实比较圆润饱满，果肉较小块，果丝相对较少，出肉率一般40-50%左右，一般13斤的果子出果率高达7斤；一般黄肉的果肉较大块，但果丝较多，出肉率一般在30-40%左右，20斤的果子出果率在6斤左右。
甜度不同
红肉菠萝蜜果肉呈橙红色，肉厚甜脆，香味比较浓郁，甜度高达25度左右；黄肉菠萝蜜果肉呈金黄色，甜度比红肉菠萝蜜清淡，果肉甜度只有17度左右。
产地价格不同
黄肉菠萝蜜一般是指国产的，因为黄肉的价格要相对于红肉的便宜很多；红肉菠萝蜜有国产与进口，国产的一般海南与广西多一点，进口的一般为越南的。
但国产的相比于进口的，还是越南的好吃的，应该是种植区域气候的原因，国产的红肉果肉含水量相对来说还是高一点，味道与脆度比越南的还是差一点。
口感不同
黄肉菠萝蜜口感偏软绵，脆度差，香味与甜味也淡一些，并且果肉的含水较高，完熟后果肉呈现深黄水渍状的感觉，水水的感觉没有脆度，实际也没有脆度；红肉菠萝蜜口感脆甜（全完熟后也是软甜），含水量相对较少，香味浓郁。
菠萝蜜肉软软的是熟透了还是放坏了
根据情况决定。
1、菠萝蜜肉很软一方面跟其品种有关，有一种菠萝蜜品种就是湿包型果肉，肉口感就是松软的，而且味道十分甘甜，这种菠萝蜜软的才好吃，并不是坏的现象，但若是出现发酵酒精味，腐败味、果肉腐烂流水的话，就是变质现象，不能继续食用，以免对健康造成危害。
2、对于平时常吃的干包型菠萝蜜品种，正常情况下熟了也不会特别软，若是果肉非常软，一般是放久了导致细菌、霉菌等有害微生物滋生和繁殖，出现的菠萝蜜腐败变质现象，这种菠萝蜜若是有流水、异味等表现，就千万不能吃，说明菠萝蜜已经坏了，最好及时扔掉，以免误食。
