成分不同
藿香正气水和藿香正气口服液二者最大的区别在于藿香正气水含有乙醇，而藿香正气口服液不含有乙醇。
藿香正气水其制法是将药材用60%乙醇做溶剂，浸渍后进行过滤，合并过滤液，混匀。所以，藿香正气水最终的药品里面是含有乙醇的，说明书和药典标准中都很清楚地写“本品含乙醇(酒精)40%-50%”。
藿香正气口服液其制法是将药材加60%乙醇加热提取，然后将提取液中的乙醇加热除去，只保留水溶液。因此，虽然在藿香正气口服液的制备过程中用到了乙醇，但是最后都回收除去了，最终的成品液体不含有乙醇。所以，在藿香正气口服液的说明书上，就没有提示乙醇(酒精)含量百分比这样的内容。
所以服用藿香正气水前后7天是不能同时服用头孢类药物的，否则容易出现“双硫仑样反应”，出现面部潮红、出汗、眼结膜充血、视觉模糊、头痛、头晕、恶心、呕吐等症状，严重还可导致胸痛、急性心衰、呼吸困难、急性肝损伤、惊厥及死亡等现象。
口感不同
藿香正气水由水煮及酒浸制而成，疗效明显，但口感较差。由于霍香正气水药效比较峻猛，小儿和年老体虚者服用时应有医生和药师指导。
而藿香正气口服液是藿香正气水的换代产品，不含酒精，口感好，对肠胃无刺激，适合老人、妇女及儿童服用。
服用藿香正气水注意事项
1、 中暑不可盲目服用藿香正气水藿香正气水主要是用来理气祛湿和驱寒，而非目前不少人误认为它仅仅是解暑特效药。中暑是因为烈日炎炎，汗出过多，饮水不足，暑热内侵，治疗应当以清热泻火、养阴解暑为主。而藿香正气水的功效是辛温解表、散寒、除湿，属于温热药。因此在这种情况下不适宜服用藿香正气水。
2、 感冒不能乱喝藿香正气水
如果在三伏天感冒了，但发热不明显，伴有食欲不振、腹胀、舌苔白腻等症状，像这样体内以寒湿为主的患者是可以服用藿香正气水的。
细菌性腹泻不宜用藿香正气水。因为藿香正气水具有芳香化湿、解表散寒的功效，仅适用于受凉腹泻。
3、 这些人群慎用藿香正气水
藿香正气水酒精含量较高，不适合老人、孕妇、儿童等体质较弱的人群。尤其是孕妇，藿香正气水含有大量的中药成分，喝了还有可能引起流产。
