加班工资肯定是要计算在工资总额里的，工资本身就包括正常情况下的工资，加班工资，用人单位发的奖金津贴，和在其他特殊情况下付的工资，所以，加班工资要计算在工资总额中缴纳个人所得税。
加班工资算在工资总额里。根据《关于工资总额组成的规定》的规定，工资总额由下列六个部分组成：计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。企业因生产特点不能实行规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时;因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条规定的限制：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的;
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的;
(三)法律、行政法规规定的其他情形。用人单位不得违反规定延长劳动者的工作时间。
加班费也属于扣税的范围。
根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情况之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间所得工资的工资报酬：
第一，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬;
第二，休息日安排劳动者工作又不能补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬;
第三，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
对于加班职工来讲，用人单位通常也不是单独的发加班费的，会在月初发上个月工资的时候把加班费计算进去。可是除了法定节假日，平时的工作日和休息日如果有安排加班，在已经调休了的情况下是没有加班费的。
