霉菌污染
花生是一种富含油脂的种子类食物，营养成分很好，易滋生黄曲霉，黄曲霉会滋生黄色菌群，导致花生芽变黄、腐烂。这种发黄花生芽不能食用，因为黄曲霉素是剧毒物质，食用会导致中毒，严重甚至出现死亡；除此之外还有致畸作用，孕妇食用对宝宝伤害极大。
氧化变黄
花生中富含油脂成分，如果培育不当，花生芽活性很低，不会正常生长，但是丰富的水分、适宜的温度、高活性的过氧化酶类会导致花生芽中的油脂成分氧化，有可能出现花生芽变黄的情况。这种情况下发黄的花生芽不建议食用，因为花生芽氧化变黄的过程中很容易出现腐败变质的情况。
花生苗染病
花生芽虽然还没有正式长成大株的花生，但是也会用于花生质量不佳而感染一些花生疾病。如根腐病，是由于真菌导致花生芽染病，出现发黄、腐烂的情况，这种发黄花生芽不建议食用，口感、营养价值都受到营养。
叶黄素蓄积
花生芽刚刚发芽的时候根茎是白色的，但是生长发育的过程中会慢慢开瓣，然后长出真叶，真叶中的叶绿体会合成叶绿素和叶黄素，使得花生芽瓣出现发黄的的情况。这种发黄属于自然现象，并且叶黄素有保护眼睛的作用，因此是可以食用的，但是花生芽发育到长真叶的时候含有的蛋白质、脂质、碳水化合物、维生素、矿物质等大量被消耗，营养价值会降低。
花生本色颜色发黄
有些花生的颜色本身就带有淡淡的黄色，这种花生在尚未发芽成花生芽的时候就有一些发黄，因此这种发黄的花生是可以食用的，属于自然现象。
如何防止花生芽发黄
消毒
花生芽发芽的过程中容易发霉，因此所有配需花生芽的工具都需要进行煮沸消毒，避免染病。
选择优质花生
花生质量不佳会有活性低，带有致病真菌等问题，建议选择颗粒饱满、优质的花生，并且花生的外壳也不能有任何腐烂等情况。
缩短培育时间
长时间的培育会导致叶黄素蓄积，进而出现花生芽发黄的情况，建议将培育花生芽的时间缩短，可以减少花生芽发黄的情况出现。
如何挑选优质花生芽
1、优质花生芽应该是没有长真叶，仅有两瓣没有打开的花生瓣。
2、优质花生芽的长度在3到10厘米之间，过短有效物质低，过长营养成分消耗过多。
3、优质花生芽的色泽均匀，没有色斑色块，颜色是浅黄色、白色，没有腐烂、霉变的情况出现。
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