一、病假工资扣完五险一金合法吗?
合法。五险一金有企业承担部分和个人承担部分，病假也是要从中个人部分费用的。
《企业职工患病或非因工负伤医疗期的规定》 第三条 企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，国家规定门诊病假最多开几天根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：
(一) 实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月年以上的为六个月。
(二)实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月年以上十年以下的为九个月年以上十五年以下的为十二个月五年以上二十年以下的为十八个月十年以上的为二十四个月。
二、病假工资是怎样计算的?
病假工资的计算，首先要确定两个变量，一是病假工资的计算基数，二是病假工资的计算系数。
1.病假工资的基数按照以下三个原则确定：
(1)劳动合同有约定的，按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位(职位)相对应的工资标准确定。集体合同(工资集体协议)确定的标准高于劳动合同约定标准的，按集体合同(工资集体协议)标准确定。
(2)劳动合同、集体合同均未约定的，可由用人单位与职工代表通过工资集体协商确定，协商结果应签订工资集体协议。
(3)用人单位与劳动者无任何约定的，假期工资的计算基数统一按劳动者本人所在岗位(职位)正常出勤的月工资的70%确定。此外，按以上三个原则计算的假期工资基数均不得低于本市规定的最低工资标准。
2.计算系数按照以下方式确定,以上海为例(各个地方的规定不同，有的病假工资比例没有规定这么细致)：
(1)职工疾病或非因工负伤连续休假在6个月以内的，企业应按下列标准支付疾病休假工资：
①连续工龄不满2年的，按本人工资的60%计发;
②连续工龄满2年不满4年的，按本人工资70%计发;
③连续工龄满4年不满6年的，按本人工资的80%计发;
④连续工龄满6年不满8年的，按本人工资的90%计发;
⑤连续工龄满8年及以上的，按本人工资的100%计发。
(2) 职工疾病或非因工负伤连续休假超过6个月的，由企业支付疾病救济费：
①连续工龄不满1年的，按本人工资的40%计发;
②连续工龄满1年不满3年的，按本人工资的50%计发;
③连续工龄满3年及以上的，按本人工资的60%计发。
病假工资的计算基数和计算系数确定后，便可计算出病假工资的数额。病假工资=(计算基数/21.75)乘以计算系数乘以病假天数。
因此，如果是正规的公司，通常都是需要在员工的工资发放下去时，给员工扣除五险一金，不管员工是否请病假，只要员工是能够正常拿到工资的，那么通常都是需要从员工工资中一部分来扣除五险一金，当然这个五险一金用人单位也会承担一部分。
